为适应海南建成海洋强省行动战略的需要，适应国际、国内海运业和渔业对航海高级人才的迫切需求，学院于2010年成立海运工程学院。 2012年学院顺利通过了国家海事局船员教育和培训质量管理体系审核，并获得船员教育和培训资质，成为海南省第一家获准开展船员培训的高等学府，从而构建了以“两航一游”为特色的航空、航海、旅游三大专业群，开创了海南自主培养高端航海人才的历史。

    海运工程学院作为学院“两航一游”重点学院，总计投资3500余万元，建成了15000㎡的航海实训中心、轮机实训中心和水上实训中心三个实训中心，拥有了国内最先进的大型360°全视景船舶操纵模拟器、30万吨级大型油轮仿真轮机模拟器、电站模拟器等为主要设备的模拟器实训室；以海图资料和船舶综合定位系统等为主要设备的航线设计、船舶综合定位实训室；以船舶主机、辅机等为主要设备的动装拆装和操作实训室；以GMDSS为主要设备的船岸通信联络实训室；以满足船员专业技能适任训练的校内、校外实训基地；以多媒体语音室为主要设备的英语教学情景场所以及船员远程计算机终端无纸化考场。斥资1200余万元购置了“亚诺49尺帆船”和“亚诺36尺帆船”两艘法国造单体龙骨帆船，供航海类专业开展教学和培训之用；积极引进各类经验丰富的高端航运人才，组建了一支既有多年航运工作经历，又有丰富教学经验的“双师型”教学和管理团队。

    海运工程学院现设航海技术、轮机工程技术、港口与航运管理三个专业，服务海南面向全球，培养、输出高素质航运技术人才。至今已为航运企业和海南（三亚）周边地区培训学员约6000余人次，为海南地区海船船员提供了有利的条件，同时也为地方经济发展做出了突出贡献。